돼지 호흡기 질병 복합체(PRDC)는 복합적인 원인과 병원체 간 상호작용으로 인해 전 세계 양돈 생산에 상당한 경제적 부담을 초래하며, 동물의 건강과 복지에도 부정적인 영향을 미치고 있습니다. 본 연구에서는 스페인 내 상업용 양돈농장에서 2020년부터 2024년까지 호흡기 질환이 의심되어 정기적으로 진단 의뢰된 시료 6,017건을 대상으로 PRDC와 관련된 12종의 대표적 세균 및 바이러스 병원체에 대한 검출 빈도 및 동시 검출 양상을 폭넓게 분석하였습니다. 그 결과, 지역·시기·생산 단계별로 뚜렷한 차이가 확인되었습니다. Glaesserella (G.) parasuis (56.7%), Streptococcus (S.) suis (56.4%), 돼지 생식기 및 호흡기 증후군 바이러스 1형(PRRSV-1, 52.4%), Mesomycoplasma (M.) hyorhinis (47.8%)가 가장 빈번하게 검출된 병원체로 나타났습니다. 주목할 점은, 해당 2차 기회균의 검출 빈도가 2022년까지 꾸준히 증가하다 이후 감소했으며, 이 경향은 PCV2와 Mesomycoplasma (M.) hyopneumoniae 등 주요 PRDC 원인 병원체의 감소와도 유사한 양상을 보였습니다. 2차 기회균은 이유 후 자돈에서 주로 검출되었으며(p < 0.05), PRRSV-1의 경우 스페인 북동부 지역에서 유의하게 더 높은 양성률을 보였습니다(p < 0.05). 병원체 간 800개 이상의 다양한 동시 검출 패턴이 확인되어 병원체 조합의 복잡성을 시사하였습니다. 동시 발생 네트워크 분석과 로지스틱 회귀분석을 통해 강한 연관성도 드러났습니다. 특히 M. hyorhinis는 검사한 9종의 병원체와 밀접한 관련성을 보여 PRDC 내 핵심 병원체로 부상하였으며, 주요 연관성은 G. parasuis (OR = 4.05), S. suis (OR = 1.57), PRRSV-1 (OR = 2.55) 등으로 확인되었습니다. 이러한 결과는 양돈 산업 현장에서 PRDC 연관 병원체의 검출 및 동시 검출 양상을 대규모로 파악한 자료로, 실질적인 진단 및 방역 우선순위 설정에 근거를 제공합니다. 더불어, 복합 인자에 의해 야기되는 호흡기 질환의 부담을 낮추기 위한 통합적 접근의 필요성을 강조합니다.