돼지 로타바이러스(PoRV), 돼지 유행성 설사 바이러스(PEDV), 그리고 돼지 델타코로나바이러스(PDCoV)는 돼지 설사성 질환의 주요 원인이며, 이들의 정확한 감별과 진단은 양돈 산업에서 질병 제어에 매우 중요합니다. 그러나 이들 바이러스는 임상 증상과 병리학적 징후가 겹치기 때문에 감별 진단에 많은 어려움이 있습니다. 본 연구에서는 세 병원체를 동시에 검출하고 구별할 수 있는 민감도와 특이도가 매우 높은 트리플렉스 RT-qPCR 분석법을 개발하였습니다. PoRV의 NSP5 유전자, PEDV와 PDCoV의 S 유전자의 보존 영역을 기반으로 특이적인 프라이머와 프로브를 설계 및 선별하였으며, 프라이머와 프로브의 농도, 그리고 어닐링 온도 등 반응 조건을 최적화하였습니다. 이 분석법은 다른 주요 돼지 병원체와 교차 반응이 전혀 없는 뛰어난 특이성을 보였고, 10 copies/µL의 검출 민감도, 그리고 1% 미만의 반복 측정(동일 및 이종 배치) 변동계수를 나타냈습니다. 또한, 복잡한 시료 내 저해물질에 대한 내성도 높게 확인되었습니다. 124건의 임상 시료에 대해 본 트리플렉스 분석법과 단일 RT-qPCR 상용 키트를 병행 테스트한 결과, PoRV, PEDV, 그리고 PDCoV에 대한 검출율이 모두 일치했습니다. 본 연구는 돼지 설사성 병원체의 감별 진단을 위한 신속하고, 민감하며, 신뢰성 높은 트리플렉스 RT-qPCR 분석법을 제시합니다.