골격근 섬유 조성은 육질과 대사 특성을 결정하는 중요한 요소입니다. 출생 후 초기 시기는 근육섬유 전환이 주로 일어나는 결정적 시기이며, 본 연구에서는 2주령 리인형 돼지와 중국 토종 돼지의 장늑근(longissimus dorsi) 조직을 조직학적 및 분자 수준에서 분석하여 서로 다른 근육섬유 조성을 확인하였습니다. 다중 오믹스 분석 결과, 두 품종 간 크로마틴 상태, 인핸서(증강자) 풍경, 프로모터 활성에서 뚜렷한 차이가 있음을 밝혔습니다. 리인형 돼지는 산화적 대사 및 근형성 관련 유전자에서 크로마틴 접근성과 인핸서 활성화가 증가한 반면, 중국 토종 돼지는 해당계 및 생합성 관련 유전자 부위에서 규제 요소가 풍부하게 나타났습니다. 품종 특이적 SNP와 인델은 일부 인핸서에 집중적으로 분포하여 전사 조절에 영향을 줄 가능성이 있음을 시사합니다. 고차원 유전체 구조 또한 A/B 컴파트먼트 전환 및 TAD(Topologically Associating Domain) 경계 재구성을 통해 전사적 차이에 기여함을 확인하였습니다. 프로모터-인핸서 상호작용 매핑 결과 품종별 시스-조절 네트워크가 드러났으며, 전사 산출은 인핸서 밀도와 상관관계를 보였습니다. 기능 검증 실험에서 PPP3CB 상위 인핸서가 MEF2C를 모집해 산화적 섬유 프로그램을 활성화시키는 것을 확인하였고, in vitro 및 in vivo 교란 실험을 통해 PPP3CB-MEF2C 피드백 회로가 근육섬유형 특이성을 조절함을 규명하였습니다. 이 연구는 초기 근육섬유 특성의 기반이 되는 에피게놈과 3D 유전체 구조를 구체적으로 제시하며, 육질 개선을 위한 분자적 기전을 제공합니다.