가축의 시퀀싱 과정에서 매핑되지 않은 읽기(read)는 병원체에 관한 중요한 정보를 포함하고 있음에도 불구하고 보통 폐기됩니다. 본 연구에서는 높은 수준의 생물안전 환경과 낮은 수준의 생물안전 환경에서 사육된 닭과 돼지의 혈액 유래 DNA 및 RNA를 분석하며, 매핑되지 않은 시퀀싱 읽기에 초점을 두었습니다. 닭의 경우, 낮은 생물안전 수준 농장에서 바이러스 서열이 상당히 많이 발견되었으며, 이는 주로 식물 바이러스로 환경 오염을 시사합니다. 돼지에 있어서는 Mycoplasmoides pneumoniae와 여러 돼지 특이적 바이러스가 탐지되었습니다. 본 연구에서 구축한 생정보학 분석 파이프라인은 숙주 읽기 제거, 어셈블리, BLAST, 그리고 분류학적 필터링 단계를 포함하며, 이를 통해 효과적으로 후보 병원체와 오염원을 선별할 수 있었습니다. 이러한 접근법은 시퀀싱 기반 환경 DNA 모니터링을 통해 미생물 및 바이러스 존재 추적, 농장 생물안전성 평가, 그리고 동물 건강 감시를 지원할 수 있음을 보여줍니다.