Senecavirus A(SVA)는 임상 증상이 구제역(Foot-and-Mouth Disease)과 같은 수포성 질병을 모방하여 신속한 탐지 및 통제에 어려움을 초래하며, 전 세계적으로 분포된 신흥 돼지 병원체입니다. 본 연구에서는 여러 대륙에 걸친 329개의 SVA 전체 유전체를 분석하여 진화 역학, 재조합 패턴, 하플로타입 다양성 및 전 세계적 확산 경로에 대한 종합적 통찰을 제공하였습니다. 계통학 분석 결과, 크게 두 가지 계통이 확인되었습니다. 2007년 이전 미국에서 주로 발견된 초기주(early strains)로 구성된 계통 1(Lineage 1)과, 2007년 이후 등장해 미주 및 동아시아로 확산된 계통 2(Lineage 2)입니다. 재조합은 계통 2에서만 관찰되었고, 특히 2C와 같은 비구조 단백질(nonstructural regions) 부위에 집중되어, 최근의 유전적 다양화가 계통 내 유전자 교환(intra-lineage genetic exchange)에 의해 주도되고 있음을 시사합니다. 3AB 유전자에 대한 하플로타입 분석에서는 170개의 개별 하플로타입이 확인되었으며, 중심 조상 변이(ancestral variant)에서 급격히 개체군이 확장된 것을 반영하는 별모양 네트워크 구조(star-like network structure)가 나타났습니다. 한편, 부차적 가지(secondary branches)는 지역적 다양화가 지속되고 있음을 보여줍니다. 이처럼 높은 유전 다양성에도 불구하고, 전체 유전체 단위의 dN/dS 비율은 1 미만을 유지하고 있었으며, 구조 및 비구조 단백질의 N-말단 영역에서 가장 강한 정화 선택(purifying selection)이 관찰되어 바이러스의 기능적 제약이 유지되고 있음을 알 수 있습니다. 시간 척도에 따른 계통학적 재구성과 베이지안 스카이라인(Bayesian Skyline) 분석 결과, 2010년대 초반에 계통 다양화가 빠르게 일어남과 동시에 효과 개체군 크기(effective population size)가 상당히 증가한 것이 밝혀졌습니다. 계통지리학적 추정(phylogeographic inference)을 통해 미주에서 동아시아로의 반복적 유입이 확인되었으며, 이는 돼지무역 및 기타 인위적 요인(anthropogenic factors)에 의해 촉진된 것으로 보입니다. 종합적으로 SVA의 진화는 잦은 돌연변이와 계통 내 재조합에 의해 추진되지만, 광범위한 정화 선택에 의해 제약받으면서도, 폭넓은 유전적 다양성과 기능적 통합성을 유지하고 있어 유전체 감시(genomic surveillance) 및 표적 통제 방안(targeted control) 수립에 중요한 시사점을 제공합니다.