돼지 유행성 설사 바이러스(PEDV), 전염성 위장염 바이러스(TGEV), 돼지 로타바이러스(PoRV), 돼지 델타코로나바이러스(PDCoV), 유행성 돼지 가성광견병 바이러스(PRV), 그리고 돼지 생식기호흡기증후군 바이러스(PRRSV) 등 6가지 주요 바이러스성 병원체는 전세계 양돈 산업에 막대한 경제적 손실을 초래하고 있습니다. 이들 병원체의 빈번한 동시 유행과 그로 인한 복합 감염은 신속하고 정확한 진단을 크게 어렵게 만듭니다. 이러한 문제를 극복하기 위해, 우리는 이들 바이러스를 동시에 검출 및 구별할 수 있는 고해상도 용융 분석(HRM)이 통합된 다중 실시간 PCR 분석법을 개발하였습니다. 각 바이러스의 보존 유전자 영역(PEDV-M, TGEV-N, PoRV-VP6, PDCoV-M, PRV-gE, PRRSV-ORF5)을 표적으로 하는 특이적 프라이머 세트를 설계 및 최적화하였고, 반응 조건 및 HRM 파라미터를 정밀하게 조정하여 6개 바이러스 모두에서 특이적 증폭과 서로 구별되는 용융 곡선 프로파일을 확보하였습니다. 이 분석법은 우수한 특이성을 보여, 다른 돼지 병원체들과의 교차 반응이 나타나지 않았습니다. 검출한계(LOD)는 PEDV, TGEV, PoRV, PDCoV, PRRSV의 경우 10 copies/μL, PRV의 경우 100 copies/μL로 확립되었습니다. 증폭 효율은 90%~102%(R² ≥ 0.98)를 나타냈으며, 분석 내‧외 반복성은 cycle threshold(Ct) 값 기준 변이계수(CV) <3%, 용융 온도(Tm) 값은 <0.5%로 매우 높은 재현성을 확인하였습니다. 248건의 현장 샘플 임상 검증에서는 해당 6가지 병원체에 대한 검출률이 기존의 단일 PCR 분석보다 16.0%~27.3%(평균 18.1%) 높았습니다. 본 연구 결과, HRM 기반 다중 실시간 PCR 분석법이 주요 돼지 바이러스성 병원체의 신속성, 민감성, 특이성 및 높은 재현성을 갖춘 효과적인 검출 및 구분 도구임을 증명하였습니다. 이 기술은 조기 진단, 역학 감시, 강화된 돼지 바이러스 질병 관리에 기여할 수 있는 유용한 분자 진단 플랫폼을 제공합니다.