구제역 바이러스(FMDV)는 백신에 의한 선택 압력에 의해 야기되는 적응 진화를 통해 숙주 면역 감시를 회피하며, 면역화된 동물에서도 지속적인 돌파 감염이 발생합니다. 본 연구에서는 1980년부터 2019년까지 동남아시아(SEA) 및 중동-남아시아(ME-SA) 계통에 속하는 46개의 O형 FMDV 분리주를 대상으로, 주요 중화 항원 에피토프인 VP1 G-H 루프(141-160번 아미노산)를 분석하였습니다. VP1 142번 및 153번 위치의 핵심 아미노산은 자연 선택 하에서 세 단계를 거쳐 순차적, 단계적으로 진화했습니다. 야생형(Wt) 역유전학 시스템을 기반으로 단일 돌연변이주(T142P, Q153P) 및 이중 돌연변이주(T142P&Q153P)를 구조적으로 확보하였으며, 해당 돌연변이 부위를 고효율 FMDV 나노입자 백신에 도입하여 네 가지 백신 후보를 개발하였습니다. 생쥐 면역 실험 결과, 모든 백신이 Wt 및 단일 돌연변이주에 대해서는 확실한 방어 효과를 보였으나, 이중 돌연변이주에 대해서는 방어 효능이 크게 감소했습니다. 반면, 이중 돌연변이주로 제작된 백신은 이중 돌연변이주(T142P&Q153P)에 대해 높은 수준의 중화항체가(1:426.67, Wt(1:21.33), T142P(1:32), Q153P(1:42.67) 대비 10~20배)를 유도하였습니다. 상업용 불활화 백신으로 접종된 돼지에서도 일관된 결과가 확인되었습니다. 결론적으로, VP1 142번과 153번 위치의 복합 돌연변이는 바이러스 항원성을 재구성하며 구제역 바이러스의 면역 회피 핵심 인자로 작용합니다. 이러한 면역 회피 부위를 백신 항원에 포함시키는 것은 넓은 범위의 중화항체 커버리지를 확보할 수 있게 하며, 이는 FMDV 진화 이해 및 범용 백신 개발에 실험적 근거를 제공합니다.