이유 후 발정 재귀는 모돈의 번식 효율성에 있어 매우 중요한 요소입니다. 장내 미생물군은 모돈의 이유 후 발정과 관련이 있으며, 이는 영양소 활용 및 대사 조절에 영향을 미칠 가능성이 있습니다. 그러나, 현재까지 발정 재귀와 연관된 미생물 시그니처는 미생물 균주 수준에서 충분히 밝혀지지 않았습니다. 본 연구에서는 85건의 분변 샘플을 이용하여 메타유전체 및 메타볼로믹스 프로파일링을 실시함으로써 장내 미생물군과 이유 후 발정 간의 상관관계를 탐구하였습니다. 2,704개의 비중복 메타유전체 조립 게놈(MAG) 중, LEfSe 분석을 통해 608개의 발정 연관 MAG가 도출되었습니다. 이 중 고품질의 48개 MAG를 선정하여 공풍부 네트워크 분석을 실시한 결과, 기능적으로 경쟁적 관계를 보이는 두 개의 미생물 길드가 확인되었습니다. 길드 1은 정상 군에서 유의하게 많았으며, β-글루코시다아제 및 엽산 생합성 유전자가 더 풍부하고, 항생제 내성 유전자 및 병원성 인자는 길드 2에 비해 적었습니다. 이 48개 MAG를 기반으로 한 랜덤 포레스트 모델은 정상군과 발정 미회귀군을 우수하게 구분하는 성능을 보였으며(AUROC = 0.946), 독립적인 데이터셋(n = 29, AUROC = 0.818)에서도 검증되었습니다. 또한, 두 길드간 풍부도 차이에서 산출된 길드 수준 미생물 지수(GMI) 역시 발정 군 구분에 효과적이었습니다(AUROC = 0.799). 통합 다중 오믹스 분석 결과, 발정 미회귀 모돈에서는 2차 담즙산 대 1차 담즙산의 비율이 현저히 증가하고 특정 2차 담즙산이 축적되는 등, 분변 내 담즙산 대사 변화가 관찰되었습니다. 특히, 길드 2에 속하는 Clostridia 계열 SFHK01 sp016296675 균주와 이 균주가 보유한 12α-HSDH 유전자는 특정 2차 담즙산과 양의 상관관계를 보여, 해당 균주가 발정 미회귀군에서 확인된 독특한 대사 변화에 관여함을 시사합니다. 본 연구는 이유 후 발정 재귀와 연관된 장내 미생물 시그니처를 유전체 및 길드 기반으로 규명함으로써, 모돈 번식 성적 개선을 위한 미생물군 표적 중재법 개발에 기반을 제시합니다.