돼지 생식기 및 호흡기 증후군 바이러스 2형(PRRSV-2)은 광범위한 유전적 다양성을 보이며, ORF5 기반 분류는 전 세계적인 분자 감시를 위한 표준화된 틀을 제공합니다. 일본에서 수행된 이전 전국 조사에서는 계통 4(L4)가 예기치 않게 높은 유전적 다양성을 보이며 우점 계통으로 확인된 바 있습니다. 이러한 관찰 결과는 L4로 분류된 바이러스들의 이질성이 계통 내 분화에 의한 것인지, 아니면 더 깊은 계통 유전적 분리에서 기인한 것인지를 규명하기 위해 재평가가 필요하다는 동기를 제공했습니다. 본 연구에서는 최대우도 계통수 재구성과 전 세계 ORF5 분류 체계에 근거한 염기쌍간 거리 분석을 활용하여 이전에 일본 내 L4로 분류된 PRRSV-2 ORF5 서열을 재평가하였습니다. 중복 서열 제거 후, 321개의 L4 분류 ORF5 서열을 전 세계 참조 데이터셋과 함께 분석하였습니다. 그 결과, L4로 분류된 집단 내에 두 개의 뚜렷이 구분되는 클레이드가 나타났습니다. 한 클레이드는 글로벌 L4 참조 서열을 포함하였으며, 다른 클레이드는 주로 일본산 서열로 구성된 독립적 단일계통군으로, 결정적 노드에서 부트스트랩 값이 85% 이상으로 높게 나타났습니다. 두 클레이드 간의 염기쌍간 비보정 거리 분석에서는 그 차이가 ORF5 계통 구분 기준인 11%를 웃돌았으며(클레이드 간 중앙값 p-거리=0.133), 이는 계통적·유전적 거리 모두에서 확연히 구분되는 집단임을 의미합니다. 이에 본 연구는 이 뚜렷한 클레이드를 잠정적으로 JPL-A라 명명하고, 주요 L4 클레이드와 구별되는 신규 계통 수준의 클레이드 후보로 보고합니다. 이러한 결과는 일본 내 PRRSV-2의 현대적 유전적 다양성에 기존 글로벌 참조군에 충분히 반영되지 않은 계통 수준의 신규 그룹이 포함되어 있음을 시사하며, 지역 감시 데이터가 ORF5 기반 표준 분류 체계 고도화에 중요한 역할을 할 수 있음을 강조합니다.