젖꼭지 수는 돼지의 경제적 특성으로, 돼지의 건강 및 생존에 영향을 미치는 중요한 요인입니다. 수많은 GWAS가 Duroc, Landrace, Large White 돼지의 젖꼭지 수에 대한 후보 유전자를 식별했으나, 원인 유전자는 26일령 돼지 배아의 유선 원기에서의 전사적 및 후천적 연구의 부족으로 인해 아직 명확하지 않습니다. Erhualian과 Bamaxiang 돼지는 중국 야생 멧돼지에서 유래된 모델로, 젖꼭지 수에 대한 유전적 변이를 연구하는 데 이상적이며, Erhualian은 평균 거의 20개의 젖꼭지를, Bamaxiang은 약 10개의 젖꼭지를 가집니다. 본 연구에서는 배아 26일째에 이들 품종의 유선 원기를 수집하여, ATAC-seq 및 RNA-seq을 수행하여 염색체 접근성과 유전자 발현을 탐색하였습니다. 결과는 유선 원기 전반에 걸쳐 광범위한 염색체 접근성을 나타냅니다. 식별된 30,806개의 개방 염색체 영역(OCR) 가운데 30개만이 품종 특이적 차이를 보였으며, 이는 품종 간에 보존된 접근성 패턴을 시사합니다. OCR은 상간 영역 및 프로모터 영역에 집중되어 있으며, 젖꼭지 수에 대한 QTL 구간과 상당히 중복됩니다. RNA-seq은 두 품종 간 4432개의 차등 발현 유전자를 밝혔으며, 이에는 WTN10B 및 WNT6이 포함되어 품종 특이적인 유전자 발현 패턴을 나타냅니다. ATAC-seq과 RNA-seq 결과를 통합하여 pheWAS 및 GWAS 데이터에 따라 젖꼭지 수와 관련된 SSC14의 48.80 Mb 근처에서 세 개의 단백질 코딩 유전자(ENSSSCG00000031037, ENSSSCG00000032042, ENSSSCG00000039180)를 식별했습니다. FISH 분석을 통해 ENSSSCG00000031037이 유선 원기의 상피 세포에서 특이적으로 발현됨을 확인하였으며, 이 지역은 Erhualian 돼지에서 강한 선택압을 받는 것으로 나타나 품종의 젖꼭지 수 증가에 기여하는 역할을 시사합니다. 결론적으로, 본 연구는 ATAC-seq 및 RNA-seq을 통합하여 돼지 유선 원기의 염색체 접근성 및 유전자 발현 지도를 구축했으며, 젖꼭지 수 차이에 기여하는 주요 후보 유전자로 ENSSSCG00000031037, ENSSSCG00000032042, ENSSSCG00000039180을 식별하여 젖꼭지 수와 관련된 QTL 구간과 원인 유전자를 이해하는 데 통찰을 제공합니다.