돼지유행설사바이러스(PEDV)는 전 세계 돼지산업에 심각한 위협을 가하는 주요 병원체입니다. 높은 변이성으로 인해 전통적인 백신은 예방 및 통제에 효과가 제한적입니다. 본 연구에서는 중국에서 유행하는 1109개의 PEDV 균주의 분자적 특성과 진화 역학을 체계적으로 분석하였으며, 특히 S 유전자 서열에 초점을 맞추었습니다. 계통발생 분석 결과, 중국의 PEDV 균주는 두 개의 주요 그룹인 GI(고전형) 및 GII(변이형)로 분류될 수 있었으며, 이를 다시 여섯 개의 아형인 GIa, GIb, S-INDEL, GIIa, GIIb 및 GIIc로 나눌 수 있었습니다. 이 중 GIIa는 전체 아형의 35.62%, GIIb는 25.70%, 그리고 GIIc는 26.06%를 차지했습니다. 지리적 분포 데이터에 따르면 광동, 사천, 하남이 PEDV의 발생률이 가장 높은 성으로 나타났습니다. S 단백질 아미노산 돌연변이 분석 결과, GII 균주는 '시알산 높은 친화력 + 면역 회피'라는 이중 전략을 통해 면역 압박 하에서도 전파를 지속할 수 있음을 시사했습니다. 재조합 분석은 D0 구조 도메인이 재조합 핫스팟으로 판명되어, 이는 PEDV의 종 간 전파와 면역 회피를 유도할 가능성이 높음을 보여주었습니다. 당화 패턴 분석에서는 GII 균주가 N62 및 N118에서 독특한 당화 패턴을 나타내어, 이는 면역원성 변화와 관련이 있을 수 있음을 증명했습니다. 본 연구는 중국 PEDV 균주의 아미노산 돌연변이, 재조합 사건, 당화 부위 변이 특성을 보고합니다. 이러한 발견은 PEDV의 진화 메커니즘을 규명하고, 백신 설계를 최적화하며, 지역 맞춤형 예방 및 통제 전략을 수립하는 데 중요한 기초를 제공합니다.