돼지 생식기 및 호흡기 증후군(PRRS)은 전 세계 돼지 생산에 심각한 영향을 미칩니다. 태아의 PRRSV 감염 반응에 대한 숙주 유전적 요인 및 분자 메커니즘은 여러 연구를 통해 밝힌 바 있으나, 태아의 유전자형과 흉선 전사 및 PRRS 취약성 간의 관계는 여전히 명확하지 않습니다. 본 연구는 모돈 PRRSV-2 감염 모델을 통해 태아 돼지의 유전체 및 흉선 전사체 분석을 통합하였습니다. 임신 84-86일에 모돈이 접종된 이후 태아는 PRRS에 대한 취약성에 따라 완전 저항(CR), 부분 저항(PR), 생존 취약(VS), 태변 착색 취약(MS)의 네 그룹으로 분류되었습니다. CR과 PR 태아는 모돈 노출에도 불구하고 혈청 및 흉선에서 0개 또는 4개 미만의 바이러스 부하를 보인 반면, VS와 MS 태아는 높은 바이러스 부하를 나타냈으며, MS는 절박 증상을 보였습니다. 흉선 전사체 분석 결과, VS와 MS 태아에서는 CR과 PR 태아에 비해 강한 인터페론 반응과 세포 주기 및 DNA 복구 경로의 하향 조절이 관찰되었습니다. 심각한 감염(MS)은 흉선 초기 T 세포 발달을 포함한 유전자들의 하향 조절과 연관이 있어 흉선 내 T 세포 발달의 장애를 시사합니다. 상호작용 표현 정량적 특성 좌위(ieQTLs)는 유전적 변이와 차등 발현 유전자(DEG)의 발현 수준이 태아의 PRRS 취약성에 따라 다르게 연관되는 것을 발견했습니다. 특히, TMEM98(Th1 세포 분화에 관여) 및 PTCRA(흉선 세포 초기 발달에 발현)와 관련된 ieQTLs가 발견되었습니다. 이러한 발견은 태아 유전자형, 흉선 유전자 발현 및 PRRS 취약성 간의 복잡한 상호작용을 강조하며, 대체 작은 암퇘지 육종 프로그램을 위한 잠재적인 유전 마커를 제공합니다.