2009년에 돼지 유래 유전자들의 이례적인 재조합에 의해 나타난 H1N1pdm09 인플루엔자 바이러스는 기존의 계절성 H1N1 바이러스를 신속히 대체하며 21세기 첫 인플루엔자 대유행을 초래하였습니다. 브라질에서는 이 바이러스가 초기에는 강한 지역사회 전파를 통해 확산된 후 점차 계절성 순환 양상을 보였습니다. 그러나 이 바이러스의 장기적인 진화 동태는 아직 충분히 규명되지 않았습니다. 이러한 연구 공백을 해소하기 위해, 우리는 2014년 이후 브라질에서 H1N1pdm09 순환 바이러스의 전장 유전체 서열 분석이 체계화되기 시작한 시기를 중심으로 한 전국적 유전체 감시 연구를 수행하였습니다. 브라질의 5대 대권역에서 협력적 서열 분석을 통해 2014년부터 2024년까지 채집된 597개의 완전 유전체를 생산하였습니다. 계통역학적 접근법을 활용하여 H1N1pdm09의 시·공간적 확산 경로를 재구성하고, 주요 순환 계통을 도출하였으며, 역학 데이터를 통합하여 지역적 지속성 및 전파 패턴을 평가하였습니다. 그 결과, 지난 10년간 바이러스의 지속적인 순환과 여러 차례의 독립적인 유입이 반복되었음이 밝혀졌으며, 특히 남동부 및 남부 지역에서의 국지적 계통의 유지가 확인되었습니다. 계통발생 분석 결과, 국제적 기원으로부터의 반복적인 바이러스 유입도 관찰되어, 전세계 바이러스 이동의 지속적 영향력을 시사합니다. 추가적으로, 유전체 전반에 걸친 비교 분석에서는 내부 유전자 영역의 재조합 사건이 확인되었으며, 이는 COVID-19 팬데믹 이후 우점 계통의 지속 및 적응에 영향을 미쳤을 가능성을 시사합니다. 본 연구는 브라질에서 H1N1pdm09의 진화 동태를 가장 포괄적으로 재구성한 사례로서, 열대 및 아열대 지역에서 전국 단위의 통합적 유전체 감시가 공중보건 대비 역량 강화에 있어 핵심적임을 부각시킵니다.