세네카바이러스 A(Senecavirus A, SVA)는 2002년 미국에서 처음 분리된 피코르나바이러스(picornavirus)이지만, 1988년부터 돼지 집단 내에서 순환해왔다는 증거가 있습니다. 브라질에서는 2014년 이후 SVA 감염에 의한 수포성 질병 발생이 빈번히 보고되어왔으나, 해당 국가에서 SVA의 유전적 다양성과 진화에 관한 데이터는 제한적입니다. 본 연구에서는 2018년부터 2022년까지 브라질 8개 주, 57개 지방자치단체의 농가 및 도축장에서 수포성 병변을 보인 돼지로부터 SVA를 분리하였습니다. Sanger와 Oxford Nanopore 시퀀싱을 통해 총 501개의 SVA 유전체를 확보했습니다. 계통 분석 결과, 브라질 SVA 바이러스의 유전자 염기서열은 중국, 미국, 캐나다 등 타국 바이러스와 유전적으로 뚜렷이 구분되며 단일계통(monophyletic cluster)을 형성하여, 현재 브라질에서 순환하는 SVA가 공통 조상을 가졌음을 시사합니다. 또한, 중서부와 남부 지역에서 얻어진 염기서열을 중심으로 두 개의 주요 그룹이 나타나, 브라질 돼지 집단 내에서 SVA가 독립적으로 진화하고 있음을 보여줍니다. 염기서열별 비교를 통해 브라질 SVA 특이적으로 높은 빈도로 관찰되는 7개의 돌연변이를 확인하였으며, 이 중 일부는 숙주 세포 수용체(ANTRX1)와 상호작용하는 캡시드 단백질의 특정 부위와, 표면에 노출된 잔기에서 발견되어 수용체 결합 또는 면역 압력에 의한 진화적 변화를 시사합니다. 재조합 분석 결과, 브라질 SVA 균주 간 최소 5건의 재조합 사건이 있었음이 확인되었습니다. 본 연구 결과는 브라질 내 SVA의 진화 및 전 세계적 역학, 진화 역학에 대한 새로운 통찰을 제공합니다.