여러 바이러스의 동시 감염은 돼지 질병 관리에 큰 복잡성을 야기합니다. 아프리카돼지열병바이러스(ASFV), 오제랄지스바이러스(PRV), 돼지파보바이러스(PPV) 등 DNA 바이러스는 모돈의 번식 실패를 유발하며, 이들에 의한 임상 양상이 중복되어 감별진단에 어려움을 주고 있습니다. 본 연구에서는 세 가지 바이러스를 동시에 검출할 수 있도록, 각기 다른 형광 프로브 세트를 활용한 삼중 드롭릿 디지털 PCR(ddPCR) 신규 분석법을 개발하였습니다. 해당 multiplex ddPCR 분석법은 매우 우수한 분석 성능을 보였으며, 높은 특이도, 민감도, 재현성을 입증하였습니다. 기존 정량적 PCR(qPCR)과 비교 시, 딥PCR법의 검출 한계(LOD)는 ASFV 0.08, PRV 3.41, PPV 3.38 copies/μL로, 각 대상 바이러스에서 qPCR 대비 약 10배 우수한 LOD를 달성하였습니다. 교차 반응성 시험에서도 타 주요 돈육 병원체에 대해 절대적인 특이성을 확인하였습니다. 217건의 현장 시료를 통한 임상 검증에서는 ddPCR이 137건(63.1%)의 양성 사례를 검출해, qPCR(115건, 53.0%) 대비 진단 성능이 뛰어났습니다. 바이러스별 양성률 개선폭은 qPCR 대비 ASFV 5.99%, PRV 0.46%, PPV 3.69% 순이었으며, 두 방법 간 일치도 검증에서는 94.01-99.54%로 높은 상관을 보였습니다. 특히 ddPCR 기법은 낮은 바이러스량의 시료에서 더 우수한 민감도를 나타냈습니다. 본 연구는 ASFV, PRV, PPV의 동시 감별 진단을 위한 최초의 multiplex 디지털 PCR 플랫폼을 제시하며, 이 분석법은 돈육 산업에 경제적 타격을 주는 주요 병원체의 효과적인 감시 및 방제에 강력한 도구가 될 것입니다.