자돈 이유 후 발정 귀환은 돼지의 재생산 효율성에 중요합니다. 장내 미생물군은 영양소 이용과 대사 조절에 영향을 미침으로써 자돈 이유 후 돼지의 발정에 관련이 있습니다. 그러나 현재 발정 귀환과 관련된 미생물 서명은 균주 수준에서 잘 해결되지 않았습니다. 본 연구에서는 85개의 대변 샘플에 대한 메타게놈 및 대사체 프로필링을 통해 자돈 이유 후 발정과 장내 미생물군 사이의 관계를 탐구했습니다. 2,704개의 비중복 메타게놈-조립된 게놈(MAG) 중에서 LEfSe 분석을 통해 608개의 발정 관련 MAG가 확인되었습니다. 이 중 48개의 높은 품질의 MAG가 공동분포 네트워크 분석을 위해 선택되었으며, 이는 두 가지 경쟁적인 미생물 기능계보를 드러냈습니다. 계보 1은 정상 그룹에서 상당히 풍부했으며, β-glucosidase와 엽산 합성 유전자가 더 많고 항생제 내성 유전자 및 독성 인자는 계보 2보다 적었습니다. 이러한 48개의 MAG에 기초한 랜덤 포레스트 모델은 정상 발정 귀환 돼지와 그렇지 않은 돼지를 구별하는 데 뛰어난 성능을 보였으며(AUROC = 0.946), 독립된 데이터 세트에서 검증되었습니다(n = 29, AUROC = 0.818). 또한, 두 계보 간의 풍부도 차이에서 유도된 계보-수준 미생물군 지수(GMI)도 우수한 변별력을 보였습니다(AUROC = 0.799). 통합적인 다중 오믹스 분석은 발정 귀환이 없는 돼지에서 특정 2차 담즙산 비율의 증가와 특정 2차 담즙산의 축적으로 특징지어지는 대변 담즙산 대사 변화를 드러냈습니다. 특히, 계보 2의 구성원인 Clostridia 균주 SFHK01 sp016296675 및 그 인코딩된 12α-HSDH 유전자는 발정 귀환이 없는 돼지에서 관찰된 특정 대사 변화와 긍정적으로 관련이 있었습니다. 이러한 발견은 자돈 이유 후 발정 귀환과 관련된 장내 미생물 서명에 대한 게놈 기반 및 계보-기반의 통찰을 제공하여, 돼지의 재생산 성능을 향상시키기 위한 잠재적인 미생물군 표적 중재의 기초를 제공합니다.