남아프리카 농촌 지역에서는 농부들이 주로 포괄적인 혼합 축산을 실천하여 동물 종들 간 및 환경과의 미생물 교류를 촉진합니다. 이러한 소규모 혼합 축산 시스템에서 동물과 환경 간 미생물 군의 구성과 전파 가능성은 거의 탐구되지 않아, 혼합 축산이 장 및 환경 미생물 군에 어떠한 영향을 미치는지에 대한 이해의 공백을 만듭니다. 샷건 메타게놈 기술을 활용하여 소규모 혼합 축산 시스템에서의 대변 및 환경 미생물 군을 밝혀내고, 이러한 시스템 내에서 미생물 군의 이동을 이해하는 것을 목표로 하였습니다. 남아프리카의 콰줄루나탈 및 이스턴케이프 지방에서 총 111개의 샘플을 수집했으며, 여기에는 소, 염소, 양, 돼지, 닭 등에서 채취한 76개의 대변 샘플, 18개의 토양 샘플, 17개의 물 샘플이 포함되어 있습니다. 이 시퀀싱 데이터의 분류 분석 결과 대다수 종에서 우세한 강(Phylum)은 프로테오박테리아였으나 돼지는 퍼미쿠테스가 우세하였습니다. 모락셀라과(Moraxellaceae)와 슈도모나과(Pseudomonadaceae)는 단위위 동물과 반추동물 간의 차별화된 대목입니다. 미생물 다양성의 차이는 주로 숙주에 기인했지만 아시네토박터(Acinetobacter), 크리세오박테리움(Chryseobacterium), 플레이보박테리움(Flavobacterium), 페도박테리움(Pedobacter), 슈도모나스(Pseudomonas)와 같은 속들은 모든 동물 및 환경 숙주에서 일관되게 발견되었습니다. 소는 다른 종에 비해 환경과 더 많은 속을 공유했습니다. 엔테로코커스 종(Enterococcus spp.), 대장균(Escherichia coli), 클로스트리듐 종(Clostridium spp.)과 같은 기회주의 병원균은 모든 축종에서 발견되었으며, 닭에서 가장 많았습니다. 또한 물에서는 일부 병원균이 검출되었으나 토양에서는 검출되지 않아 물이 병원체 전파의 잠재적인 매개체일 수 있음을 시사합니다. 가축과 주변 환경 간의 미생물 교환은 소규모 시스템에서 숙주와 환경 경계의 투과성을 강조합니다.