배경: 대규모 역학 연구에서 건조 보존제를 이용한 분변 샘플 수집은 사용이 용이하고 저렴하며 냉장 유통 체계와 독립적이기 때문에 매력적인 옵션입니다. 여기에서는 개, 양, 말, 소, 돼지의 건조 혈액 카드에 수집된 분변 물질에서 고품질의 DNA를 효율적으로 추출하기 위한 네 가지 DNA 추출 방법을 테스트하며, 목표는 양질의 샷건 메타게놈 데이터셋을 생성하는 것입니다. 더 나아가, 각 샘플마다 2천만 쌍의 페어드엔드(PE) 리드 깊이에서 이루어지는 Illumina 샷건 메타게놈 시퀀싱의 적합성을 결과 분변 미생물 군집의 분류학적 및 기능적 측면을 성공적으로 특성화할 수 있는지 평가했습니다.
Key Points
- 동물의 분변 샘플을 건조 혈액 카드에 수집하여 DNA를 추출하는 방법을 시험하였습니다.
- 개, 양, 말, 소, 돼지의 분변에서 고품질 DNA를 추출하는 효율적인 프로토콜을 식별하려고 했습니다.
- Illumina 샷건 메타게놈 시퀀싱은 분변 미생물 군집의 분류학적 및 기능적 특성을 성공적으로 특성화할 수 있음을 평가했습니다.
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