배경: 소매 식품을 오염시키는 세균 병원체는 식중독을 유발할 수 있습니다. 대장균은 대변 오염의 위험 수준을 평가하기 위해 일반적으로 식품에서 계수되지만, 대장균 종은 유전적으로 다양하며, 특정 유형의 대장균이 다른 유형보다 건강에 더 큰 위험을 초래할 수 있습니다. 이러한 계수 방법은 식품을 오염시키는 대장균의 유형에 대한 제한된 통찰력만 제공합니다. 반면, 전체 유전체 시퀀싱(WGS)은 유전적 다양성과 관련 유전자에 대한 통찰력을 제공합니다. 현재의 WGS 연구는 병원성 또는 항균제 내성 대장균의 선택에 초점을 맞추어 소비자에게 미치는 다양성과 잠재적 위험에 대한 통찰력을 제한적으로 제공하였습니다. 방법: 식품에서의 대장균의 다양성과 잠재적 위험을 평가하기 위해 영국 노퍽 전역의 소매점에서 식품 샘플을 수집했습니다. 이 연구에서는 126개의 닭고기, 52개의 녹색 채소, 115개의 돼지고기, 75개의 새우 및 33개의 연어 대장균 양성 샘플을 조사했습니다. 샘플당 최대 4개의 대장균을 분리하여 WGS를 수행했습니다. 대장균 유전체는 인 실리코 다중 위치 시퀀스 타이핑을 거쳐 시퀀스 유형(ST)이 단일 뉴클레오타이드 다형성(SNP) 수준에서 조사되었습니다. 또한 병원성 유전자와 항균제 내성(AMR) 결정 인자도 조사되었습니다. 결과: 총 401개 식품 샘플에서 1,067개의 대장균 유전체를 분리 및 시퀀싱하여 238개의 알려진 ST와 54개의 미확인 ST로 분류했습니다. 145개 샘플에서 네 가지 분리체가 시퀀싱된 경우, 17개의 샘플에서 네 가지 서로 다른 ST가 나타나 내어 샘플 내에서 높은 다양성을 나타냈습니다. 샘플 내 동일 ST 비교에서는 최대 845개의 쌍별 비재조합 SNP가 나타났습니다. 대장균 유전체는 0개에서 14개의 AMR 결정 인자를 보유하고 있었습니다. 샘플 내 최대 네 가지 AMR 결정 인자 조합이 확인되었으며, 전체 대장균 양성 샘플의 34.7%(n=139/401 샘플)가 세 개 이상의 AMR 결정 인자를 포함했습니다. 이 데이터 세트에서는 26개의 잠재적 비장내 병원성 대장균(ExPEC)이 확인되었습니다. 논의: 다중 분리체 WGS 접근법은 개별 식품 샘플 내에서 전통적인 계수 방법으로는 파악할 수 없었던 ST의 높은 다양성과 다양한 AMR 프로파일 및 잠재적 ExPEC을 확인하였습니다. 따라서 소비자를 위한 철저한 미생물 위험 특성을 확보하기 위해 다수의 분리체 수집 및 WGS가 필요합니다.