돼지 생식기 및 호흡기 증후군(PRRS)은 전 세계 돼지 생산에 심각한 영향을 미칩니다. 여러 연구에서는 PRRSV 감염에 대한 태아의 반응에 대한 유전적 요소와 분자 메커니즘을 밝혀냈지만, 태아 유전자형과 흉선의 전사를 통한 PRRS 감수성 간의 관계는 여전히 불분명합니다. 이 연구는 모체의 PRRSV-2 도전 모델을 사용하여 태아 돼지의 유전체 및 흉선 전사체 분석을 통합합니다. 태아는 임신 84-86일에 모체 접종 후 PRRS에 대한 감수성에 따라 완전 저항성(CR), 부분 저항성(PR), 생존 감수성(VS), 그리고 태변 착색 감수성(MS)의 네 그룹으로 분류되었습니다. CR과 PR 태아는 모체 노출에도 불구하고 각각 혈청과 흉선에서 0 또는 4 이하의 바이러스 부하를 보였지만, VS와 MS 태아는 높은 바이러스 부하를 가지며 MS는 손상의 징후를 보였습니다. 흉선 전사체 분석에서는 CR과 PR 태아에 비해 VS와 MS 태아에서 강력한 인터페론 반응과 세포 주기 및 DNA 복구 경로의 다운조절이 나타났습니다. 심각한 감염(MS)은 초기 흉선세포 발달에 관여하는 유전자의 다운조절과 관련이 있었으며, 이는 흉선에서 T 세포 발달이 방해됨을 시사했습니다. 유전자 변이와 차별적으로 발현된 유전자(DEG)의 발현 수준 간 연관성이 태아의 PRRS 감수성에 따라 다르게 나타나는 상호작용 발현 수량 형질위치(ieQTLs)가 확인되었습니다. 특히, T 세포 발달에 중요한 TMEM98(Th1 세포 분화에 관여)와 PTCRA(초기 흉선세포 발달 단계에서 발현) 등의 유전자에 대해 ieQTLs가 식별되었습니다. 이러한 결과는 태아 유전자형, 흉선 유전자 발현, PRRS 감수성 간의 복잡한 상호작용을 강조하며, 교배 프로그램에 활용할 수 있는 잠재적 유전 마커를 제공합니다.