세네카바이러스 A (SVA)는 구제역과 같은 수포성 질병을 모방하는 임상 증상을 가진 전 세계적으로 분포된 돼지 병원체로, 신속한 발견과 통제에 어려움을 초래하고 있습니다. 여기서 우리는 여러 대륙에 걸친 329개의 완전한 SVA 게놈을 분석하여 진화적 역학, 재조합 패턴, 유전자형 다양성 및 전 세계 확산에 대한 종합적인 관점을 제공합니다. 계통발생 분석을 통해 2007년 이전 미국에서 주로 발생한 초기 균주의 계통 1과 2007년 이후 아메리카와 동아시아에 퍼진 계통 2의 두 주요 계통이 나타났습니다. 재조합은 계통 2에 국한되었으며, 특히 2C의 비구조적 영역에서 집중되었으며, 이는 최근 다양성의 원동력으로 작용하는 계통 내 유전적 교환을 부각합니다. 3AB 유전자의 유전자형 분석에서는 170개의 다른 유전자형이 확인되어, 급속한 인구 확장이 중앙 조상 변종에서부터 이루어진 것으로 해석되는 별 모양의 네트워크 구조를 보여주었으며, 부차적인 가지들은 지속적인 지역 다양성을 반영합니다. 이러한 높은 유전적 변이에도 불구하고, 게놈 전체의 dN/dS 비율은 1 이하에 머물렀으며, 기능적 제약이 바이러스의 적응도를 유지하는 구조적 및 비구조적 단백질의 N-말단 도메인에서 가장 강하게 나타났습니다. 시간 척도로 조정된 계통발생 재구성과 베이지안 스카이라인 분석은 2010년대 초반의 급속한 계통 다양화와 유효 인구 크기의 현저한 증가를 보여주었습니다. 계통지리적 추론에서는 아메리카 대륙에서 동아시아로의 반복적인 도입이 식량통상과 기타 인위적 요인들에 의해 촉진되었음을 추가로 밝혀냈습니다. SVA의 진화는 빈번한 돌연변이와 계통 내 재조합에 의해 주도되지만, 강력한 정화 선택에 의해 제한되어 광범위한 유전적 다양성을 생성하면서도 기능적 완전성을 유지하여, 게놈 감시 및 목표 지향적 통제를 위한 함의를 제시합니다.